1766 tavaszán meghalt Gregor Joseph Werner, az Esterházy-udvar első karmestere, Haydn elődje és felettese. A két komponista viszonya eleve kudarcra volt ítélve, nemcsak a generációs különbségek, Werner konzervatív ízlése és – fiatalabb pályatársának lenyűgöző képességeihez mérten – kevésbé látványos tehetsége miatt, hanem azért is, mert Esterházy Pál Antal után fivére, Miklós is látványosan kitüntette Haydnt.
Az 1761-es szerződés szövegének tanúsága szerint a két Kapellmeister közötti erőviszonyok kezdettől egyenlőtlenek voltak, ugyanis nemcsak arról volt szó, hogy a templomi használatra szánt vokális műveken kívül minden másról (szóló-, kamara- és zenekari művekről) Haydn gondoskodott, hanem arról is, hogy a fiatal művész kizárólag az egyházzene területén számított Werner beosztottjának, minden egyéb kérdésben tőle függetlenül járhatott el. Munkaadói bizalmának elnyeréséért az első években ugyan időnként nehéz csatákat kellett vívnia, de zsenialitása és kötelességtudása meggyőző érvnek bizonyult. Werner halála után megörökölte az egyházzenei feladatokat is, amelyek ha nem is álltak az udvar kulturális életének homlokterében, azért a hetvenes években még korántsem számítottak olyan mellőzöttnek, mint II. József uralkodása alatt. Haydn annak dacára, hogy előtte egy évtizeden át nem komponált vallásos művet, a rá jellemző felkészültséggel fogott neki a munkának. Szent Miklós-miséjét 1772-ben írta oboákkal és kürtökkel kiegészített vonószenekarra, feltehetően a herceg névnapja alkalmából.
